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| Data | Título | Autor(es) | Tipo | Acesso |
| 2015 | Co-evolution of strain design methods based on flux balance and elementary mode analysis | Machado, D.; Herrgård, Markus | Artigo | Acesso aberto |
| Jun-2019 | Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen | Menden, Michael P.; Wang, Dennis; Mason, Mike J., et al. | Artigo | Acesso aberto |
| Mai-2011 | Critical perspective on the consequences of the limited availability of kinetic data in metabolic dynamic modeling | Costa, Rafael S.; Machado, C. D.; Rocha, I., et al. | Artigo | Acesso aberto |
| 2009 | A critical review on modelling formalisms and simulation tools in computational biosystems | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Rocha, Miguel, et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| Mar-2012 | Design of a biosynthetic pathway for curcumin production in Escherichia coli | Machado, C. D.; Rodrigues, L. R.; Rocha, I. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 27-Jun-2009 | Dynamic modeling of E. coli central carbon metabolism combining different kinetic rate laws | Costa, Rafael S.; Machado, C. D.; Rocha, I., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2010 | Evaluating the integration of proteomic data for the prediction of intracellular fluxes after knockout experiments | Costa, Rafael S.; Machado, C. D.; Ferreira, Eugénio C., et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 6-Jun-2011 | Exploring the gap between dynamic and constraint-based models of metabolism | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Ferreira, Eugénio C., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2012 | Exploring the gap between dynamic and constraint-based models of metabolism | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Ferreira, Eugénio C., et al. | Artigo | Acesso aberto |
| Ago-2010 | Exploring the gap between dynamic and steady-state models of metabolism | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Rocha, I., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| Mai-2010 | Hybrid dynamic modeling of Escherichia coli central metabolic network combining Michaelis–Menten and approximate kinetic equations | Costa, Rafael S.; Machado, C. D.; Rocha, I., et al. | Artigo | Acesso aberto |
| 16-Set-2015 | Integrating kinetic and constraint-based models of metabolism | Machado, D.; Lima, Patrícia; Rocha, I. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2009 | Integration of proteomic data for predicting dynamic behaviour in an E. coli central carbon network after genetic perturbations | Costa, Rafael S.; Machado, C. D.; Rocha, I., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2014 | A kinetic model for curcumin production in Escherichia coli | Machado, C. D.; Rodrigues, L. R.; Rocha, I. | Artigo | Acesso aberto |
| 2009 | Large scale dynamic model reconstruction for the central carbon metabolism of escherichia coli | Costa, Rafael S.; Machado, C. D.; Rocha, I., et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2010 | Model transformation of metabolic networks using a Petri net based framework | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Rocha, Miguel, et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2011 | Modeling enzymatic regulation in metabolic networks | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Ferreira, Eugénio C., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2011 | Modeling formalisms in systems biology | Machado, C. D.; Costa, Rafael S.; Rocha, Miguel, et al. | Artigo | Acesso aberto |
| 2014 | Modeling the contribution of allosteric regulation for flux control in the central carbon metabolism of E. coli | Machado, C. D.; Herrgård, Markus; Rocha, I. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 11-Mai-2015 | Modelling allosteric regulation for prediction of flux control in the central carbon metabolism of E. coli | Machado, C. D.; Herrgård, Markus; Rocha, I. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
