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| Data | Título | Autor(es) | Tipo | Acesso |
| 2012 | An algorithm to assemble gene-protein-reaction associations for genome-scale metabolic model reconstruction | Cardoso, João; Vilaça, Paulo; Soares, Simão, et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2012 | An integrated computational environment for elementary modes analysis of biochemical networks | Maia, P.; Vilaça, P.; Rocha, I., et al. | Artigo | Acesso restrito UMinho |
| 30-Dez-2014 | An integrated network visualization framework towards metabolic engineering applications | Noronha, Alberto; Vilaça, Paulo; Rocha, Miguel | Artigo | Acesso aberto |
| 8-Jun-2015 | Analysis of 140 published GSMs and identification of the most common representation problems | Vilaça, P.; Cardoso, João; Rocha, I., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2018 | Analyzing and designing cell factories with OptFlux | Vilaça, Paulo Ricardo Carvalho; Maia, Paulo; Giesteira, Hugo Miguel Melo, et al. | Capítulo de livro | Acesso restrito UMinho |
| 2014 | CBFA: phenotype prediction integrating metabolic models with constraints derived from experimental data | Carreira, Rafael; Evangelista, Pedro; Maia, Paulo, et al. | Artigo | Acesso aberto |
| Mar-2011 | A computational tool for the simulation and optimization of microbial strains accounting integrated metabolic/ regulatory information | Vilaça, Paulo; Rocha, I.; Rocha, Miguel | Artigo | Acesso aberto |
| 21-Jun-2017 | A critical evaluation of automatic atom mapping algorithms and tools | Osório, Nuno; Vilaça, P.; Rocha, Miguel | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| Fev-2015 | Development and application of efficient pathway enumeration algorithms for metabolic engineering applications | Liu, Filipe; Vilaça, Paulo; Rocha, I., et al. | Artigo | Acesso aberto |
| 2014 | Evaluating pathway enumeration algorithms in metabolic engineering case studies | Liu, Filipe; Vilaça, Paulo; Rocha, I., et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2017 | Genome-wide semi-automated annotation of transporter systems | Dias, Oscar; Gomes, Daniel G.; Vilaça, P., et al. | Artigo | Acesso aberto |
| Mar-2012 | In silico metabolic engineering tool for simulation and optimization of microbial strains accounting integrated metabolic/regulatory information | Vilaça, Paulo; Rocha, Miguel; Rocha, I. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| Mar-2012 | In silico optimization of the production of amino-acids in Escherichia coli | Pereira, Rui; Vilaça, Paulo; Rocha, Miguel, et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| Mar-2020 | MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing | Lieven, Christian; Beber, Moritz E.; Olivier, Brett G., et al. | Carta ao editor | Acesso aberto |
| 18-Fev-2016 | A metabolic integrated yeast knowledgebase (MIYEASTK) | Santos, Sophia; Liu, Filipe Alexandre Wang; Costa, Christopher, et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 2010 | Metaheuristics for strain optimization using transcriptional information enriched metabolic models | Vilaça, Paulo; Maia, Paulo; Rocha, I., et al. | Artigo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 8-Dez-2016 | MIYeastK: The Metabolic Integrated Yeast Knowledgebase | Santos, Sophia; Liu, F.; Costa, Christopher, et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| 11-Jul-2013 | OptFlux3: an improved platform for in silico design of cellular factories | Rocha, I.; Vilaça, Paulo; Maia, P., et al. | Resumo em ata de conferência | Acesso aberto |
| Abr-2010 | OptFlux: an open-source software platform for in silico metabolic engineering | Rocha, I.; Maia, Paulo; Evangelista, Pedro, et al. | Artigo | Acesso aberto |
| 22-Mar-2010 | OptFlux: an open-source software platform for in silico metabolic engineering | Rocha, I.; Maia, Paulo; Pinto, José Pedro Basto Gouveia Pereira, et al. | Poster em conferência | Acesso aberto |
